Πρόκειται για τη συνέχεια του Yu-Gi-Oh!

Η ψυχή του Φαραώ που είναι φυλακισμένη στο Παζλ της Χιλιετίας αναζητά τις αναμνήσεις της και έναν τρόπο να απελευθερωθεί. Με τη βοήθεια του Yuugi Mutou, που είναι ο κάτοχος του Πάζλ της Χιλιετίας, αλλά και των φίλων του πολεμούν τους εχθρούς τους σε ένα παιχνίδι καρτών γνωστό ως Duel Monsters. 

Η σειρά αποτελείται από αρκετά διαφορετικά arcs:

* Legendary Heroes/Dungeon Dice Monsters

Ένα πρώην μέλος της εταιρίας Kaiba προσπαθεί να ξεφορτωθεί τον Kaiba παγιδεύοντάς τον σε ένα παιχνίδι εικονικής πραγματικότητας βασισμένο στο Duel Monsters.

*Battle City

Όταν ο Kaiba μαθαίνει για τις τρεις κάρτες των Θεών, διοργανώνει στους δρόμους της πόλης Dοmino ένα τουρνουά καρτών ώστε να αποκτήσεις τις κάρτες των Θεών και να νικήσει τον Yugi.

*Noah's Virtual World

Καθώς ο Yugi,ο Kaiba,ο Joey, και ο Marik πηγαίνουν με το αερόπλοιο στην τοποθεσία για τον τελικό της Battle City, παγιδεύονται σε μια εικονική πραγματικότητα που είχαν σχεδιάσει οι αντίπαλοι του Kaiba στην εταιρία ώστε να τον βγάλουν από τη μέση.

*Duel Tower (Alcatraz)

Οι τελικές μάχες του τουρνουά της Battle City.

*Waking the Dragons (Doma Orikalkos)

Μια αρχαία οργάνωση κλέβει τις κάρτες των Θεών και χρησιμοποιεί τις ψυχές ανθρώπων και τεράτων προκειμένου να αναγεννηθεί ένα τέρας που λέγεται ότι οδήγησε στην καταστροφή της Ατλαντίδας. Ο Υugi και οι φίλοι του πρέπει να ενώσουν τις δυνάμεις τους και να τους σταματήσουν.

*Grand Championship

Έχοντας μείνει χωρίς λεφτά, ο Yugi και οι φίλοι του παίρνουν μέρος στο καινούριο τουρνουά του Kaiba.

*Dawn of the Duel (Millennium World)

Έχοντας και τις τρεις κάρτες των Θεών στη διάθεσή του, ο Φαραώ προσπαθεί να ξαναβρεί τις αναμνήσεις του. Ωστόσο παγιδεύεται σε μια εναλλακτική πραγματικότητα μέσα στο Παζλ της Χιλιετίας. Ξαναβρίσκει τους παλιούς του φίλους αλλά και εχθρούς, ενώ ου καινούριοι του φίλοι (ο Yugi και η παρέα του), τον αναζητούν μέσα στο Παζλ προσπαθώντας να τον βοηθήσουν. Εντωμεταξύ, ο Bakura προσπαθεί να αποκτήσει τα αντικείμενα της Χιλιετίας για να ξυπνήσει ένα αρχαίο κακό.

*Ceremonial Battle

Ο Φαραώ έχει ξαναβρεί τη μνήμη του και είναι έτοιμος να φύγει από τον κόσμο των θνητών. Για να μπορέσει όμως να το κάνει αυτό, πρέπει να νικηθεί σε μια μονομαχία. Αυτή τη φορά, αντίπαλός του είναι ο Yugi.